В 1994 году Инфекционная больница с тремя отделениями на 100 коек была создана и размещена в здании бывшего санатория — профилактория «Взморье» как муниципальное учреждение с целью оказания экстренной и специализированной медицинской помощи пациентам с инфекционными заболеваниями, в том числе с ВИЧ-инфекцией. Штат больницы в тот период насчитывал 13 человек. включая главного врача Ивана Михайловича Забелина.
Однако, учитывая специфику инфекционной больны, планировка здания бывшего санатория — профилактория «Взморье» не могла обеспечить необходимый санитарно-эпидемиологический режим в учреждении. Поэтому начался трёхлетний этап капитальной реконструкции существующего здания. Ввод реконструированного здания в эксплуатацию состоялся 19 декабря 1997 года, эта дата и считается днем рождения Магаданской областной Инфекционной больницы. Параллельно завершающейся реконструкции в 1997 году началось комплектование штата больницы медицинским персоналом. В феврале 1998 в больницу были госпитализированы первые пациенты.
В 2000 году на базе больницы было открыто гериатрическое отделение на 40 коек для оказания специализированной медицинской помощи больным пожилого возраста социально-реабилитационного направления. Организацией работы, открытием гериатрического отделения занимались новый главный врач Виктор Борисович Плотников и его заместитель Елена Васильевна Краснова. В период подъема заболеваемости инфекционной патологией на базе этого отделения было предусмотрено разворачивание дополнительных инфекционных коек.
